Sora et ses amis vivent paisiblement sur une île paradisiaque.
L'irruption des Sans-Coeur, êtres énigmatiques tout droit sortis des Ténèbres, met fin à leur quiétude et plonge Sora dans une épopée rocambolesque. Il y découvre son destin d'élu de la Keyblade, une arme en forme de clé aux pouvoirs immenses, et dont il devra découvrir le rôle.
Il sera rejoint par Donald et Dingo, à la recherche du roi Mickey, disparu depuis peu. Ensemble, ils exploreront de nombreux mondes issus de l'univers Disney, et affronteront ses plus grands méchants, à commencer par Maléfique, de la Belle aux bois dormant.