Le monde est sous la coupe d'entités maléfiques, issues des expériences scientifiques d'un génie malfaisant, le comte millénaire. Seule une lignée d'exorcistes spécialement entrainés semblent être en mesure de combattre ces créatures qui s'attaquent aux humains.
Allen Walker est l'un d'entre eux et fait partie des plus jeunes recrues. Mais ses extraordinaires pouvoirs trahissent aussi un terrible secret, pourquoi sa main gauche est-elle celle d'un démon ? Quelle est cette cicatrice qui le défigure, et quel lien possède-t-il avec le comte ?