La version manga originelle présente une histoire nettement plus brève que celle de la série télévisée. La conclusion en est plus pessimiste, marquée en outre par un message écologiste : Vega provoque une guerre nucléaire entre les nations terrestres et tente de profiter de la situation, mais Goldorak met un terme aux espoirs des aliens.

La Terre est détruite par les radiations. Duke Fleed (le Prince d'Euphor, Actarus) et sa s?ur sont quant à eux placés en hibernation au sein d'un Goldorak endommagé et enseveli sous la fosse des Mariannes dans l'attente d'un hypothétique retour à la vie.

Le manga est considéré comme mineur dans l'?uvre de Go Nagai et sa popularité est bien moindre que celle de l'anime qui en a été tiré.